El trasplante de microbiota fecal (FMT) es una terapia basada en microbiota que muestra potencial terapéutico en infecciones recurrentes o refractarias de Clostridium difficile y otros trastornos intestinales o extraintestinales. No obstante, los eventos adversos (AE) siguen siendo un desafío importante en la aplicación de FMT. OBJETIVO: Revisar los AE del FMT y abordar las preocupaciones de seguridad durante el procedimiento. MÉTODOS: Las publicaciones fueron recuperadas en las bases de datos de Medline, Embase y Cochrane Library. Los AE se clasificaron según su causalidad con FMT o su gravedad. RESULTADOS: En este estudio se identificaron 7562 artículos originales sobre FMT, de los cuales 50 cumplieron con los criterios de inclusión. Totalmente 78 tipos de AE se revelaron inscritos en estas 50 publicaciones seleccionadas. La tasa de incidencia total de EA fue del 28,5%. Entre las 42 publicaciones, 5 tipos fueron definitivamente y 38 tipos probablemente estaban relacionados con FMT. El AE más común atribuible a FMT fue el malestar abdominal, que se informó en 19 publicaciones. Para las vías gastrointestinales superiores de FMT, el 43,6% (89/204) los pacientes se vieron comprometidos por AE atribuible a FMT, mientras que la incidencia se redujo a 17,7% (76/430) para las rutas gastrointestinales más bajas. Por el contrario, las incidencias de eventos adversos graves (SAE) fueron 2,0% (4/196) y 6,1% (40/659) para las rutas gastrointestinal superior e inferior, respectivamente. Un total de 44 tipos de SAE ocurrieron en el 9,2% de los pacientes, incluyendo muerte (3,5%, 38/1089), infección (2,5%, 27/1089), recidiva de enfermedades inflamatorias intestinales (0,6%, 7/1089) y Clostridium difficile Infección (0,9%, 10/1089). CONCLUSIÓN: En consecuencia, tanto los AE como los SAE no son raros y deben monitorearse cuidadosamente a lo largo del FMT. Sin embargo, todavía se necesitan ensayos controlados aleatorios de alta calidad para la incidencia más definida de AE de FMT.